Мы сильно любим бутстрап. Есть нюанс его применения в ratio-метриках, такой вариант называется "парным бутстрапом".
Суть состоит в том, что, когда мы формируем подвыборку, берем "пару" чисел сразу - и X и Y.

Например, у нас CTR - 10 показов (X) и 2 клика (Y) у одного измерения. В этом случае берем и 10, и 2.

Собственно, все. Не супер что-то новое, просто этот важный нюанс не нужно забывать. А, как мы знаем, иногда решают именно мелочи.